Inicialmente, los asuntos sometidos a consideración de la jurisdicción de lo Contencioso Administrativo en la Comisaría del Caquetá, fueron conocidos por el Tribunal Seccional de lo Contencioso Administrativo de Neiva, conforme a lo dispuesto en el artículo 1º de la Ley 25 del 2 de agosto de 1928.
Posteriormente, fue creado el Tribunal Administrativo del Caquetá, mediante el artículo 8º de la Ley 78 del 15 de diciembre de 1981, a través de la cual, también se erige como Departamento a la Intendencia del Caquetá. Inicialmente, la corporación estuvo integrada por dos (2) despachos de magistrados. Posteriormente, se adicionó un (1) despacho de Magistrado, mediante el Decreto 2288 del 7 de octubre de 1989, Artículo 10 inciso segundo, razón por la cual, continúo su funcionamiento con tres (3) despachos de Magistrados permanentes.
A partir del año 2011 y hasta el año 2015, con la implementación de medidas de descongestión, se creó de manera transitoria un (1) despacho de Magistrado en descongestión y durante el año 2014 se contó con dos (2) despachos de Magistrado en descongestión.
Finalmente, la Sala Administrativa del Consejo Superior de la Judicatura expide el Acuerdo PSAA15-10402 del 29 de octubre de 2015, “Por el cual se crean con carácter permanente; trasladan y transforman unos despachos judiciales y cargos en todo el territorio nacional”, en el que se establece la creación de un (1) nuevo despacho de Magistrado – numeral 26 del artículo 86.
En la actualidad, el Tribunal Administrativo del Caquetá, funciona con cuatro (4) despachos de magistrados permanentes, una secretaría general y una relatoría (creada mediante Acuerdo No. PCSJA22-11976 del 28 de julio de 2022, proferido por el Consejo Superior de la Judicatura).
